Die grundlegende Einheit der logischen Struktur von Acive Directory ist die Domäne. Bei einer Domäne handelt es sich um eine von einem Administrator definierte Auflistung von Computern, die eine gemeinsame Verzeichnisdatenbank nutzen.

Sicherheitsgrenzen
In einem Windows 2000-Netzwerk dient der Domänenserver als Sicherheitsgrenze. Der Admin einer Domäne verfügt über die notwendigen Berechtigungen und Rechte, um Verwaltungsaufgaben ausschliesslich innerhalb dieser Domäne auszuführen, es sei denn, dem Admin wurden diese Rechte auch in einer anderen Domäne erteilt. Jede Domäne verfügt über eigene Sicherheitsrichtlinien und Sicherheitsbeziehungen zu anderen Domänen.

Replikationseinheit
Domänen sind auch Replikationseinheiten. Alle Domänencontroller in einer Domäne sind an der Replikation beteiligt und erhalten eine vollständige Kopie aller Verzeichnisinformationen für die jeweilige Domäne.

Active Directory verwendet ein Multimaster-Replikationsmodell. Alle Domänencontroller in einer bestimmten Domäne können Änderungen zu Informationen in Active Directory empfangen und diese Änderungen auf alle anderen Domänencontroller in der Domäne replizieren